Det är inga naturliga processer som orsakat metallbelastningen i Ala Lombolo. Kvicksilverföroreningen i sjön är gammal och har transporterats dit från det kommunala avloppet via bäcken Luossajoki. Kvicksilvret härstammar främst från LKAB:s gruvverksamhet. 

I början av 1900-talet fanns ingen avloppsrening och under många år leddes det orenade avloppsvattnet ut i Luossajoki uppströms Yli Lombolo. 1954/55 byggdes ett reningsverk för mekanisk rening på stranden vid Ala Lombolo. Dock var avskiljningen av metaller var obetydlig och reningstekniken inte tillräcklig för att sjön skulle bibehålla sin kvalitet.

1967 stod det nya reningsverket vid flygfältsvägen klart och utsläppen i sjön upphörde. Sedan dess avleds Kirunas avloppsvatten till Luossajoki några km nedströms sjöns utlopp. Utsläppen av avloppsslam i sjön har lett till att sjösedimenten innehåller stora mängder organiskt material, vilka är gasrika och ibland avger illaluktande svavelväte. 

Förutom kvicksilver finns stora mängder andra metaller i sedimenten. Dessa metaller har tillförts sjön och övriga Luossajokisystemet främst genom vittring och grundvattentransport från gråbergsupplaget vid Kirunavaara. Gråbergsupplaget består bland annat av mineralerna pyrit, kalcit, kopparkis och bornit som genom vittring frisätter metallerna koppar, kobolt, strontium, barium och molybden. Vittringen är en pågående process och transporten av metaller till Luossajoki-systemet sker fortfarande.