Det är inga naturliga processer som orsakat metallbelastningen i Ala Lombolo.
Kvicksilverföroreningen i sjön är gammal och har transporterats dit från det kommunala avloppet via bäcken Luossajoki. Kvicksilvret kommer främst från LKAB:s gruvverksamhet, men även till viss del från Folktandvården i Kiruna.
I början av 1900-talet fanns ingen avloppsrening och under många år leddes det orenade avloppsvattnet ut i Luossajoki uppströms Yli Lombolo. 1954/55 byggdes ett reningsverk för mekanisk rening på stranden vid Ala Lombolo, dock var avskiljningen av metaller var obetydlig och reningstekniken inte tillräcklig för att sjön skulle bibehålla sin kvalitet. 1967 stod det nya reningsverket vid flygfältsvägen klart och utsläppen i sjön upphörde. Sedan dess avleds Kirunas avloppsvatten till Luossajoki några km nedströms sjöns utlopp. Utsläppen av avloppsslam i sjön har lett till att sjösedimenten innehåller stora mängder organiskt material, vilka är gasrika och ibland avger illaluktande svavelväte.
Förutom kvicksilver finns stora mängder andra metaller i sedimenten. Dessa metaller har tillförts sjön och övriga Luossajokisystemet främst genom vittring och grundvattentransport från gråbergsupplaget vid Kirunavaara. Gråbergsupplaget består bland annat av mineralerna pyrit, kalcit, kopparkis och bornit som genom vittring frisätter metallerna koppar, kobolt, strontium, barium och molybden. Vittringen är en pågående process och transporten av metaller till Luossajokisystemet sker fortfarande.
På 1950-talet dumpade Försvarsmakten över 17 000 luftvärnsgranater, förpackade i lådor, i Ala Lombolo. Ammunitionen hade instabil krutladdning och behövde därför kasseras. De exakta sänkningsplatserna dokumenterades aldrig, men två områden i sjön angavs som troliga platser med ammunition. Dumpningen är inget unikt för Ala Lombolo utan ett stort antal svenska sjöar innehåller ammunition från krigsåren. Däremot är det troligen få eller ingen som är lika svårt förorenad.
2012 beslutade Försvarsmakten att 173 ammunitionslådor skulle bärgas, och 2013-2014 utfördes bärgningen. Efter bärgningen fanns osäkerhet kring kvarvarande oexploderad ammunition i sjöns sediment, så efter undersökningar och utredning genomfördes en kompletterande ammunitionsröjning under 2020.
Folktandvården startade sin verksamhet i Kiruna år 1951 och under 16 år transporterades de orenade utsläppen till Ala Lombolo via det kommunala avloppet. Kvicksilvret från Folktandvården härstammar från det amalgam som användes som tandfyllnadsmedel.
Hur stort bidraget utgör av den totala kvicksilvermängden i sedimenten är däremot oklart. Kommunens utredning tyder på ett bidrag på ca 27 kg medan LKAB:s utredning uppskattar bidraget till ca 200-300 kg. Dock står det klart att Folktandvården bidragit till en del av kvicksilvret i Ala Lombolo.
Malmbrytningen i Kiruna har pågått i över 100 år. I slutet av 1800-talet började man använda en titrometrisk analysmetod för bestämningen av järnhalten i malmprover. Användningen av analysmetoden vid LKAB:s laboratorium upphörde 1993 och under årens lopp utfördes ca 3,6 miljoner analyser, vilket motsvarar en förbrukning av 757 kg tenn, 540 kg kvicksilver och 336 kg krom.
Efter analys spolades metallerna rakt ut i avloppet. Fram till 1915 hade laboratoriet troligen eget avlopp till Luossajoki, för att sedan anslutas till det kommunala avloppssystemet. Det betyder att tillförseln av kvicksilver, tenn och krom till Ala Lombolo pågick fram till 1967, då det nya reningsverket byggdes längre ned i Luossajokisystemet.
Utredningar visar att sedimentens kvicksilverinnehåll i Ala Lombolo ökade samtidigt som järnanalyserna påbörjades. Kvicksilvret fortsatte sedan att tillföras och lagras i sedimenten under flera årtionden. Studeras förhållandet tenn/kvicksilver och krom/kvicksilver i använda mängder kemikalier på LKAB:s laboratorium och i sedimenten i Ala Lombolo samt Jukkasjärvi (Torneälven) framkommer ett tydligt samband, se tabell 1.
Samstämmigheten i förhållandena tyder på att kvicksilver, krom och tenn släppts ut, transporterats samt sedimenterats i samma proportioner. Resultatet indikerar att föroreningarna främst härstammar från LKAB:s laboratorium.